Полностью удалить программы в Вайне просто: запускаем файловый менеджер, включаем отображение скрытых файлов (ctrl+h), идём в домашнюю папку внутрь ~/.wine и косим что надо.
Но есть нюанс - несуществующие ссылки на программы могут остаться в главном меню. Чтобы их удалить идём по пути
~/.local/share/applications/wine/Programs
и там нещадно изничтожаем.
Радуемся, пьём коньяк.