Ни с того ни с сего перестали запускаться .sh файлы при клике по ним в Тунаре.

Права в порядке.

Хрен с вами, чиним:

правой кнопкой мыши по файлу, идём в "свойства/основные/открывать с помощью/другое приложение/использовать команду" и вставляем текст 

exo-open --launch TerminalEmulator

Океюшки, радуемся, пьём коньяк.