Долгое время пользовался хубунтовским индикатором, но он последнее время не работает.

Ставим другой:

sudo add-apt-repository ppa:atareao/atareao
sudo apt-get update
sudo apt-get install my-weather-indicator

Запускаем, настраиваем, радуемся, пьём коньяк.

PS Хотя я ставил галочку "Автозапуск" в настройках индикатора он не автозапускается.

Тогда пропишем его в автозапуск ручками

sh -c "sleep 10 && my-weather-indicator"